佛珠最早发现在北京房山山顶洞人遗址，这里出土了距今约1万多年的旧石器时代原始人所生产的“珠串”。怎么编佛珠，佛珠石头，佛珠变黑，佛珠名称，会文佛珠，文会佛珠，山顶洞人所佩戴的首饰，是用有穿孔的兽牙、贝壳、小石珠、鲩鱼眼上骨等串连而成。这些形态各异的骨、石饰件就是山顶洞人的“护身符”，将各式各样的珠子穿起来，作为颈饰佩戴。
后来到了商周时期，玉文化已经发展到一定程度，玉石骨器的制作也极其发达。周代的贵族以玉、石、玛瑙等珍贵材料穿成串，称做“礼玉”，用来佩戴以显示其身份或地位。这种习惯到秦汉以后式微，但似乎仍然有所传承。“珠串”这种用较有价值的材料通过贯穿丝线（有的还饰以璎珞）来作为装饰的形式，因制作简易而在历代贵族中十分流行。直到魏晋、隋唐时期佛教在中土发展并兴盛起来，一种叫“佛珠”的宗教用品在寺院甚至社会上也逐渐流行。佛珠遂成为与本土珠串文化发展并行不悖的饰件及用品。
按照佛教记载，佛珠最早诞生于古印度，但古印度早期佛教却没有使用佛珠，见于记载的佛珠使用始于公元2世纪左右。中国有关佛珠的最早记载是《续高僧传》中所说隋唐时代的道绰大师，他教人们拿着念珠持诵三宝名号。佛珠本不是佛教始创，在佛陀时代所制的律仪亦无佛珠的记载。而佛经记载，佛珠多出于后期的经典，然而在律部经典却不见有记载。所以依律典的南传佛教徒亦较少有持珠的，但在密教中佛珠却极受重视。
佛珠本是念佛或持咒时用于记诵和束心的工具和信物，故又称“念珠”。因佛祖释迦牟尼讲法、圆寂于菩提树下，所以菩提树被奉为佛教圣树。于是，古印度的佛教徒将菩提树的树籽（也就是菩提子）贯穿成串，在诵经念佛时即可记录诵经次数，后来干脆也兼用其他一些植物的种子一颗颗穿成珠串作为念珠。除念经的作用外，佛教徒手持佛珠在佛教中被认为能消除业障，象征一种美好的愿景。佛珠从使用方面来讲可以分为三种，即挂珠、佩珠、持珠。挂于颈部胸前，谓之挂珠；戴在手腕或臂上，谓之佩珠；握于掌中用手掐捻或者持念的，谓之持珠，也有谓之念珠者。
手串的起源，早在佛教诞生前，印度婆罗门教的教众就已经开始使用佛珠了。宗教信徒们通过对佛珠的盘捻记诵修行，佛珠便是一种辅助修心的工具，而修行的目的则是为了获得菩提正觉，即获得了却尘世三千烦恼而领悟未来的无上智慧。有专家以为，原始佛教没有念珠，是受婆罗门教影响。但从婆罗门教发展出来的印度教，其重要的法器就是念珠。从公元4世纪开始，念珠就开始流行于印度佛教中。
据佛教典籍《佛说木槵子经》记载，很早以前佛家便以木槵子制作佛珠，后来随着佛教的不断传承发展，人们逐渐将诸多天然植物种子、果实、根茎等用于佛珠的穿制，这些珠串常常体现了其所蕴含的修持内心的深刻意义，即“菩提”之意，于是人们便开始将这些树籽通称为“菩提子”。而随着佛教的发展，菩提子的种类也在不断发展，但均同佛教有着极深的渊源。